A Direcção do INS contempla um Director Geral, Um Director Científico e Um Director Administrativo. O INS está organizado em 5 Departamentos e várias Repartições.
Os 5 Departamentos do INS são:
Plataformas Tecnológicas, Pesquisa, Informação e Comunicação, Vigilância em Saúde e Rede de Laboratórios.
